Vào ngày 28 tháng 12 năm 2008, Birtukan bị bắt. Sự ân xá năm 2007 của bà đã bị thu hồi và bà bị kết án chung thân.[6] Tổ chức Theo dõi Nhân quyền gọi là vụ bắt giữ có động cơ chính trị.[5] Chính phủ Ethiopia tuyên bố rằng sự ân xá của bà đã có điều kiện về "một lời xin lỗi cho tội ác của bà", và đã ra lệnh bắt giữ bà sau khi nghe báo cáo rằng bà đã từ chối công khai xin lỗi về hành động của mình hoặc xin ân xá. Elizabeth Blunt của BBC cho biết kể từ khi bị bắt, Birtukan, người mà bà mô tả là "một trong những nhà lãnh đạo trẻ tuổi và có sức lôi cuốn hơn của liên minh đã làm rất tốt một cách đáng kinh ngạc chống lại đảng cầm quyền trong cuộc bầu cử năm 2005", thậm chí còn trở thành " một nữ anh hùng, thu hút sự đồng cảm rộng rãi khi một người mẹ đơn thân tách khỏi cô con gái bé bỏng của mình. " [5][7]

Vào tháng 12 năm 2009, Tổ chức Ân xá Quốc tế đã xếp loại tù nhân của Birtukan là "bất công và có động cơ chính trị", tổ chức này cũng đã phát động một chiến dịch quốc tế yêu cầu trả tự do cho bà, thách thức tuyên bố của chính phủ Ethiopia rằng việc tống giam bà là vấn đề pháp lý.[8]

Vào ngày 6 tháng 10 năm 2010, Birtukan được ra tù.[9] Theo phát ngôn viên chính phủ Shimele Kemal, Birtukan đã đệ đơn xin ân xá vào tháng 10 năm 2010, trong khi Bộ Tư pháp trích dẫn một tuyên bố trong đó bà bày tỏ sự hối tiếc vì đã từ chối năm 2007.[9] Bộ trưởng Châu Phi của Vương quốc Anh, Henry Bellingham, hoan nghênh việc thả bà, nói rằng "Đây là một bước tiến quan trọng. Chúng tôi luôn đưa ra quan điểm rằng việc bà ấy bị giam cầm lại không phải là mối quan tâm của người dân và cần phải tìm ra giải pháp... để bà ấy được thả ra. " [9][10]

Năm 2011, Mideksa đã được trao tặng học bổng Dân chủ Reagan-Fascell của Tổ chức Dân chủ Quốc gia Hoa Kỳ, và tạo điều kiện cho bà sống năm tháng ở Washington, DC để "nghiên cứu các nguyên tắc dân chủ".[11]

Kể từ ngày 30 tháng 3 năm 2013, Mideksa là thành viên của Viện nghiên cứu WEB Du Bois của Đại học Harvard.